Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
首次与友哈巴赫率领的星十字骑士团交锋后，尸魂界伤亡惨重，黑崎一护在零番队的帮助下前往灵王宫并最终炼出属于自己的斩魄刀“斩月”。与此同时，为了提升实力，其余“死神”也在瀞灵廷进行着自己的修炼，然而第二次交锋很快来袭，为了守护同伴和正义，护廷十三队热血迎战！
疼爱独生女零花的微不足道上班族‧鸟栖哲雄，某天因为工作关系和开始一个人生活的零花相约见面，却发现她脸上有被殴打的痕迹。在回家的路上，哲雄看见了像是犯人的男人，并尾随在其後。隔天偷偷回到女儿的公寓，结果却发生了使整个家庭的命运为之一变的事件。父亲为了女儿、为了家庭，走上了修罗之道。高潮迭起的悬疑故事开幕。
